公元1368年，朱元璋建立明王朝，定都南京。从南京的古地图中可以看出明南京城形制为四重环套配置，从内至外为宫城、皇城、京城、外郭，南京城的规模得到了极大的扩展。明宫城位于今明故宫遗址公园、午朝门公园一带。皇城环绕在宫城之外，东西宽2公里，南北长2.05公里。京城即通常所讲的南京城，全长33.676公里，设13座城门。它在建筑上突破传统都城的方形格局，因地随势而构筑，形制上屈曲多变。外郭自洪武二十三年（公元1390年）动工修筑，全长60公里，辟18座城门。此墙三面阻山控野，一面依傍长江，系为加强南京城防而筑。京城内有三个功能区：东部的政治活动区，西部、南部的经济活动区，北部的城防区。
　　朱元璋还对城市道路按棋盘式格局进行大规模修建，明城区道路分为官街、小街、巷道三个等级，城南地区、东部皇城新区、城北军防区三个区域自成相对独立系统。
　　清灭明后，把应天府改为江宁府，在此设置两江总督，南京成为清政府统治东南地区的中心。江宁府以明南京城为城垣，把明皇城改建为军事驻防城。清代前期，南京城市布局变化不大。光绪二十五年（公元1899年），南京被辟为对外商埠，市内交通量猛增，修建改造了部分城区道路。
　　清江宁府图是清代作者用水彩勾勒的一幅江宁府地理位置示意图，用笔明快简洁，绘制技法布局开放随意且严谨，主城以明城墙为廓，城内寥寥数笔勾勒出两江总督府和主要建筑，其余舍去，玄武湖中四岛清晰可见。一江贯穿北南，八卦洲、江心洲、白鹭洲镶嵌其中，两岸村落、县衙、军事驻地星罗棋布，好一派昔日的江南风光！
　　清查荒基全图是南京首次用传统测量方法测制的查荒基全图，由余成勋、仇曾庆测量绘制，测绘时间约光绪末年至宣统初年。从图中可以看出，居民大部居住在城南一带，城东城北荒地不少，主城道路以洪武路、中华路，升州路、建康路为骨架，城门也有原来的13座增至15座。

　　图一为国朝都城图（明京城图）

　　图二为明皇城图

　图三为清江宁府图

　　图四为清查荒基全图